Hace más de diez mil años, las islas permanecían intocadas por el hombre. Los primeros en habitarla corresponderían a los Chonos, un grupo indígena de canoeros nómades que recorrían con sus dalcas el mar interior en la aventura cotidiana de pescar y mariscar. Por la asimilación forzada al sistema social y económico europeo, esta etnia se fue extinguiendo hasta desaparecer en el siglo XVIII.
Aún así, los testimonios de su presencia están en nombres de topónimos de las Islas: Quenac, Apiao, Lin-Lin, o Caguach y en los restos arqueológicos de sus conchales cerca de playas, como sustrato de investigación futura.
En el siglo XVII, Sebastián de Cordes, un navegante y soldado holandés, propuso a la Compañía Holandesa de las Indias Orientales encabezar una expedición a las costas del sur de Chile y ocupó la ciudad de Castro. Años más tarde, a bordo del bergantín Beagle comandado por el capitán Fitz-Roy, desembarcó en Chiloé Charles Darwin.
